На практике Вы можете столкнуться со случаями, когда предлагаемый к подписанию проект договора ваша компания  готова заключить, но с изменением некоторых его условий. Как действовать в подобных случаях? В таких случаях и необходимо составление протокола разногласий. В п.1 ст. 399 Гражданского кодекса Республики Казахстан указано, что в  случаях, когда в соответствии с настоящим Кодексом или иными законодательными актами заключение договора для одной из сторон обязательно, эта сторона должна направить другой стороне извещениеоб акцепте, либо об отказе от акцепта, или об акцепте оферты (проекта договора) на иных условиях (протокол разногласий к проекту договора) в течение тридцати дней со дня получения оферты, если иной срок не установлен законодательством либо не согласован сторонами. Таким образом, протокол разногласий – это урегулирование условий договора на стадии его подписания и на практике он составляется и в случаях необязательности заключения договора для одной из сторон, почти ко всем видам гражданско-правовых договоров.

Наличие у договора протокола разногласий не означает, что его условия не согласованы. Смысл данного документа в том, что в случае его подписания спорные условия договора действуют в редакции протокола разногласий. Подписание протокола сторонами свидетельствует об их согласии с его положениями без каких-либо оговорок. При этом протокол разногласий становится полноценной частью договора, его условия имеют такую же силу, что и договорные, поэтому и подписывать такой протокол должны лица, уполномоченные подписывать от имени организации хозяйственные договоры. После составления протокола разногласий он направляется контрагенту вместе с подписанным договором. В основном договоре, к которому составляется протокол разногласий, необходимо сделать отметку: «Договор действителен с учетом протокола разногласий». Данная отметка ставится перед подписью стороны, составившей протокол разногласий. Без соответствующей отметки в договоре протокол разногласий не несет никакой юридической нагрузки и является просто пожеланием одной из сторон договора. Отсутствие указаний в договоре на протокол разногласий может создать дополнительные трудности при отстаивании своих прав в суде. Сторона, получившая протокол разногласий, подписывает его в случае согласия с новой редакцией спорных условий. В результате соответствующее условие договора будет действовать в редакции протокола разногласий, а не договора. 

Может возникнуть ситуация, что часть предложенных условий не устраивает контрагента. В этом случае на протокол разногласий составляется протокол согласования (урегулирования) разногласий. Данный документ оформляется по аналогии с протоколом разногласий с добавлением колонки «Согласованная редакция», в которой прописывается спорное условие с учетом требований обеих сторон. При этом в первоначальном протоколе разногласий делается отметка «С протоколом согласования разногласий». Если и после составления протокола согласования разногласий стороны не могут прийти к единому мнению, то возможны два варианта дальнейших действий: либо составить новый текст проекта договора и начать всю работу сначала, либо искать нового контрагента.